法人90%股权的两家公司之间的借款往来，其处理结果可能会受到一些特殊情况或例外情形的影响，具体如下：
1. 借款用于两家公司的共同紧急经营需求且事后补全审批手续。 如果出现因市场突发状况，其中一家公司急需资金周转以避免重大经营损失，法人为了维护两家公司的共同利益，先行调拨资金，事后及时召开了股东会或董事会对该笔紧急借款进行了追认并补全了所有审批文件，那么这种特殊情况可能会对原本可能涉嫌挪用资金的行为性质产生影响，司法机关或相关部门可能会考虑到紧急情况的特殊性以及事后补救措施的有效性，从而倾向于不认定为挪用资金。
2. 两家公司存在混同经营且资金往来频繁难以区分。 如果这两家由同一法人控股90%的公司，在实际经营中存在人员混同、业务混同、财务混同（如共用账户、资金随意调拨、财产界限不清等），形成了事实上的“一套人马，两块牌子”，那么这种特殊的混同经营情形会使得两家公司之间的借款往来性质变得极其复杂。一方面，可能会被认定为法人人格否认，法人需对公司债务承担连带责任；另一方面，在判断某一笔具体借款是否构成挪用资金时，也会因资金归属和使用的模糊性而增加难度，可能影响对行为性质的准确界定。
3. 公司中小股东对借款行为明确表示同意或事后追认。 虽然法人持股90%，但若在借款发生时，公司的其他中小股东（合计持股10%）明确以书面形式表示同意该借款方案，或者在借款发生后，中小股东通过股东会决议等形式对借款行为进行了追认，那么这种情形下，借款行为的公司意志体现更为充分，相较于完全未经其他股东同意的情况，被认定为挪用资金的风险会显著降低。
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法人90%股权的两家公司之间有借款往来是否构成挪用资金，不能一概而论，需结合具体情形判断。以下分不同情况详细说明：
1. 如果两家公司之间的借款往来经过了各自公司合法的内部审批程序（如股东会决议、董事会决议等），并且借款用途是为了公司的正常生产经营活动（如补充流动资金、支付货款等），那么这种借款行为通常是合法的，不构成挪用资金。
2. 若借款往来未经过公司合法的审批程序，且该法人利用其在两家公司的控股地位和职务便利，擅自将其中一家公司的资金借给另一家公司，用于非生产经营的不正当用途（如归个人使用、进行非法活动等），数额较大且超过三个月未还，或者虽未超过三个月但数额较大进行营利活动的，则可能构成挪用资金。

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