针对自建房一宅两户能否办理两个证的问题，《土地管理法》和《不动产登记暂行条例》为核心法律依据。
根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。” 这明确了“一户一宅”的基本原则，若未合法分户，一宅对应一户，只能办理一个不动产权证。同时，《不动产登记暂行条例》第四条规定：“不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。” 若两户已通过合法分户获得独立的宅基地使用权（如分户后重新划分宅基地并获批），或通过继承等合法途径获得房屋及宅基地权利，则属于“依法享有的不动产权利”，可分别办理不动产权证。综上，合法分户或合法来源的一宅两户可办理两个证，否则无法办理。
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自建房一宅两户办理两个证存在一些特殊情况或例外情形，会对办理结果产生影响：
1. 因继承获得多宅的情形：若其中一户通过继承获得自建房的部分产权及对应的宅基地使用权，且继承后该户未超过“一户一宅”的标准（如继承的宅基地面积未超出当地规定），则可能允许办理两个不动产权证。这种情况下，继承的合法性是关键，需提供完整的继承证明材料，且需符合当地宅基地管理政策对继承的特殊规定。
2. 历史遗留的一宅两户情形：部分地区存在因历史原因（如早年未严格执行“一户一宅”政策）形成的一宅两户，若该情形已被当地政府认可为历史遗留问题，且符合当地的处理办法（如允许补缴费用或完善手续），则可能办理两个证。但这种情形需以当地政府的具体政策为准，不同地区的处理方式可能存在差异。
3. 分户后宅基地面积符合标准的情形：若两户已完成合法分户，且分户后每户的宅基地面积均未超过省、自治区、直辖市规定的标准，同时房屋产权已明确分割，则可分别办理不动产权证。这种情况下，分户的审批文件和房屋分割协议是办理证件的关键材料。
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自建房一宅两户办理两个证可能存在以下法律风险，需提前警惕：
1. 无法办理证件导致财产损失风险：若未满足合法分户或合法来源条件，强行申请两个证会被驳回，不仅无法获得产权证明，还可能因房屋产权不清晰影响后续的转让、抵押或继承。例如，某村民未办理分户就申请两个不动产权证，被登记机构驳回后，其房屋因无合法产权证明，无法向银行申请抵押贷款，影响了资金周转。
2. 违反“一户一宅”政策被收回宅基地的风险：若通过虚假手段办理了两个证，一旦被相关部门查实，可能被认定为违反“一户一宅”政策，多余的宅基地使用权可能被集体经济组织收回。例如，某村民伪造分户材料办理了两个不动产权证，经举报查实后，其额外的宅基地被村委会收回，房屋也面临重新确权的问题。
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在自建房一宅两户办理证件的过程中，部分行为可能导致无法顺利办理或引发法律风险，以下是常见的错误操作：
1. 未办理分户直接申请两个证：部分人误以为同一宅内居住两户即可直接办理两个证，忽略了“一户一宅”的基本原则，这种情况下申请会被不动产登记机构直接驳回，浪费时间和精力。
2. 提供虚假分户材料：为了办理两个证，伪造分户证明或家庭成员关系证明，这种行为涉嫌违法，不仅无法成功办理证件，还可能面临行政处罚，甚至影响后续合法申请的资格。
3. 未明确房屋产权分割：即使完成分户，若未就房屋产权分割达成书面协议或未通过村委会、乡镇政府确认，不动产登记机构也可能因产权归属不清晰而拒绝办理两个证。
若您已出现类似错误操作或担心办理过程中出现问题，建议及时向专业律师咨询，避免因错误行为导致权益受损。

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